Arjuna ist eine Geschichte über das beinahe Ende der Welt, stark angelehnt an die Wirklichkeit. Juna, ein 16-jähriges Mädchen, wird beauftragt gegen die Raaja zu kämpfen, jedoch nur im übetragenen Sinne. Bis sie begreift, dass Kampf nicht der Sinn ist, muss sie viel lernen und leiden. Sie bekommt den "Tropfen der Zeit", mit dem sie sich in Arjuna verwandeln kann und muss auch gleich ein ganzes Atomkraftwerk vor einem sich näherndem Raaja beschützen. Die Katastrophe wird nur dadurch abgewendet, weil Juna den Raaja und gleich das ganze Atomkraftwerk einfriert. Juna hat also bei ihrer ersten Aufgabe versagt und wird von Chris in den Wäldern zurückgelassen, um zu lernen, was es heißt, zu leben. Juna erkennt, wie hilflos sie ist und irrt in den Wäldern umher, bis schließlich wieder ein Raaja auftaucht. Ihr Freund Tokio, der auf der Suche nach ihr war, wird von ihm angegriffen. Juna tötet ihn und die beiden suchen sich gemeinsam einen Nachhauseweg. Bei ihrer Suche begegnen sie einem alten Mann, der sie für ein paar Tage bei sich aufnimmt. Juna erkennt, dass es weder Freund noch Feind auf dieser Welt gibt und mit dieser neuen Erkenntnis ziehen die beiden weiter. Sie können endlich wieder ihre Heimatstadt, Kôbe, erreichen. Da sich Junas Seele bereits sehr geändert hat, durch die Erlebnisse in den Wäldern, erträgt sie die Stadt nicht mehr und alles scheint seltsam und verzerrt zu sein. Zugleich geht eine seltsame Bauchgrippewelle um und ihr Freund Tokio steckt sich an. Junas Seele verlässt ihren Körper und taucht in Tokio's Inneres ein. In Tokio's Bauch treiben sich Raaja herum und Juna muss daraufhin fliehen, in ihren eigenen Bauch. Chris begleitet sie dabei ständig. Doch auch sie hat sich bereits mit den Raaja "angesteckt". Mit der Hilfe von Chris erkennt sie, dass auch der Raaja weder Freund noch Feind ist und kann ihn so besiegen. Auch Tokio gesundet so wieder und es kehrt schon bald wieder der traurige Alltag ein. Juna muss wieder in die Schule, die Sommerferien sind vorbei, doch mit ihren neuen Kräften erträgt sie auch das nicht. Die Schüler folgen wie Roboter dem Unterricht, es scheint so, als wären sie von Raaja besessen. Getrieben von dieser Furcht, bildet sich Juna das auch ein und flieht nach draußen. Als Tokio davon hört, sucht er sie sofort auf und die beiden verbringen den restlichen Vormittag gemeinsam, bis sie auf einen Lehrer treffen. Sie verfolgen ihn, bis zu ihm nach Hause, dort lässt er sie ein und sie halten ein Gespräch. Desillusioniert verlassen die beiden die Wohnung des Lehrer wieder und gehen nach Hause. Noch in der selben Nacht träumt Juna von Tokio, der Sayuri's Ringröße wissen will. Juna fühlt sich unsicher und bringt den Tag hinter sich. Beim Heimweg begegnet sie Tokio und die beiden gehen ein Stückchen miteinander. Bei einem Spielplatz setzten sie sich hin und reden miteinander, plötzlich kommt Cindy, mit der Nachricht, Chris' Gesundheitszustand habe sich dramatisch verschlechtert und sie bräuchten Arjuna. Juna und Tokio fahren in ds S.E.E.D. Hauptquartier, wo Chris gerade in der heiligen Grotte behandelt wird. Juna soll ihm mit ihrer Kraft helfen, doch es kommt zu einem Kampf, mit dem von Raaja besessenen Chris. Juna kann ihn zwar nicht von den Raaja befreien, doch wenigstens kann sie sie unterdrücken und Chris somit retten. Mitten in der Nacht kehren Tokio und Juna wieder nach Hause zurück. Vorher will Tokio Juna allerdings noch einen Ring schenken und es stellt sich heraus, dass Tokio nur deshalb Sayuri's Ringgröße wissen wollte. Juna nimmt ihn allerdings nicht an. Wieder geht der traurige Alltag los. Juna wird sich mit Tokio immer unsicherer und ruft ihn an. Während des Telefongesprächs verlässt Juna's Seele wiederum ihren Körper und gelangt zu Tokio, der kann sie allerdings nicht sehen und sobald das Gespräch beendet war, kehrte auch ihre Seele wieder zurück. Jedoch sind sich nun Juna und Tokio wieder näher. Ein wenig später erfährt Juna, dass sich Tokio und Sayuri erneut getroffen haben, zwar nur freundschaftlich, doch Juna's Herz zittert erneut. Um ihre Gedanken transparent werden zu lassen taucht Cindy auf und lenkt sie ab. Sie erzählt von ihrer Vergangenheit und dass sie sich wegen ihrer Kräfte sogar an ihre eigene Geburt erinnern kann. Juna geht es wieder besser, Cindy hat ihre Aufgabe erfüllt. Nach einiger Zeit erfährt Juna von den gefährlich Experimenten von Tokio's Vater und sucht ihn daraufhin in seinem Labor auf. Tokio erfährt von der ganzen Sache und folgt ihr. Eine Diskussion zwischen Vater und Sohn entbrennt. Juna kann die Gedanken und Einstellungen der beiden mittels dem Tropfen der Zeit sehen. Währenddessen nähert sich ein Raaja dem Labor. Es kommt erneut zu einem Kampf und Juna muss wieder alles einfrieren. Doch diesesmal ist sie zu ungenau und die gefährliche Substanz "PTB" läuft aus und verbindet sich mit den Raaja. Einige Tage später wird Juna nach Amerika berufen, um dort gegen die Raaja anzukämpfen. Sie erfährt von Teresa's Vergangenheit und warum sie für S.E.E.D einsteht. Gleichzeitig überfallen Japan die mutierten Raaja und zerstören das Land. Amerika sieht für Japan keine Hoffnung mehr und stellt Juna kurzerhand unter Hausarrest, denn sie will wieder zurück und dort helfen. Nach einem Streit wird sie so wütend, dass sie das ganze Gebäude des amerikanischen S.E.E.D. Hauptquartiers einstürzen lässt und mit Hilfe von Asura den Weg nach Japan antritt. Es beginnt ein schwerer Kampf, überall tauchen wütende Massen von mutiertend Raaja auf und Juna lässt nurmehr Pfeile auf Japan regnen. In iherer Wut vergisst sie sich selbst und alles, was sie bisher gelernt hatte. Juna muss nun aufwachen und den wahren Feind erkennen. Schließlich kommt sie zur Besinnung und rettet somit Japan.